במצבים בהם בוצע טיפול שורש לקוי או שהתגלה גורם דלקתי חדש או נוסף בתעלה נוספת של השן, אותה לא ראו בפרוצדורה הקודמת או שלא שמו אליה לב, יש צורך בביצוע חידוש טיפול שורש. הליך זה הינו מורכב יותר מההליך הראשוני כי צריך גם להוציא את חומר האיטום מהתעלה ששוקמה, גם לאפשר את התאוששותה וגם לחזור לטיפול נוסף לשם סתימה מחודשת של התעלות.
אחת מהבעיות המרכזיות של טיפולי שורש היא העובדה כי לאחר טיפולים אלו אין יותר תחושה עצבית בשן ולכן גם התהוותה של דלקת או קיומו של פגם כלשהו בשורש השן המשוחזרת, שבעבר היו גורמים לנו לכאבים, ומכך להגעה לטיפול רפואי, לא יוכלו להתגלות בזמן ומשום כך קיימת מחויבות של המטופל לדאוג לביקורים סדירים וקבועים במרפאת השיניים לצורך מעקב מסודר.
חידוש טיפול שורש הינה פעולה כירורגית שסיכויי הצלחתה אינם גבוהים ובטוחים, למרות שככל שהדבר נעשה על ידי רופא מנוסה ומקצועי יותר בתחום האנדודונטיה, כך עולים הסיכויים וההסתברות להצלחת הפרוצדורה. השיטה עצמה די פשוטה, מבחינה רפואה. צריך לפרק מהשן את כל העזרים שהורכבו עליה בטיפול הקודם, עזרים כמו כתרים, מבנים והדבקות למיניהן, לאחר מכן צריך לחשוף את תעלת השן באמצעות הסרת המילוי שעליה, לנקות מחדש, לחטא ולאטום שוב, בתקווה שהפעם ינוקו גם האזורים הדלקתיים החדשים שהתגלו ובגינם היה צורך בחידוש טיפול שורש.